Men In Black เอ็มไอบี หน่วยจารชนพิทักษ์จักรวาล เป็นภาพยนตร์แอ็กชัน-ไซไฟคอมเมดี้ที่บอกเล่าเรื่องราวของ เจ้าหน้าที่เจย์ (วิล สมิธ) และ เจ้าหน้าที่เคย์ (ทอมมี่ ลี โจนส์) สองสายลับจากองค์กรลับของรัฐบาลที่มีหน้าที่ดูแล ตรวจตรา และควบคุมเหล่าเอเลี่ยนจากต่างดาวที่อาศัยอยู่บนโลกโดยไม่ให้มนุษย์ทั่วไปล่วงรู้ ภายใต้ความเคร่งขรึมของภารกิจสุดลับนี้ องค์กร Men in Black (MIB) คอยรักษาความสงบและป้องกันไม่ให้มนุษย์โลกตื่นตระหนกจากการมีอยู่ของสิ่งมีชีวิตนอกโลก โดยใช้เทคโนโลยีขั้นสูง เช่น อุปกรณ์ลบความทรงจำ (Neuralyzer) เพื่อปกปิดข้อมูลจากประชาชนทั่วไป เมื่อลูกน้องเอเลี่ยนคนหนึ่งขององค์กรถูกฆ่า และพบร่องรอยว่าอาจมีภัยคุกคามจากเผ่าพันธุ์ต่างดาวที่ไม่เป็นมิตร เจย์และเคย์จึงต้องร่วมมือกันไขคดี และยับยั้งสงครามระหว่างเผ่าพันธุ์ให้ทันก่อนที่โลกจะตกอยู่ในอันตราย แม้ว่าทั้งคู่จะมีบุคลิกที่แตกต่างกันสุดขั้ว—เคย์เป็นเจ้าหน้าที่ผู้มากประสบการณ์และสุขุม ในขณะที่เจย์เป็นมือใหม่ที่เต็มไปด้วยพลังและมุกตลก—แต่พวกเขาต้องเรียนรู้ที่จะทำงานร่วมกันเพื่อปกป้องมนุษยชาติจากภัยร้ายที่มองไม่เห็น