Star Trek Section 31 ติดตามตัวละคร Emperor Philippa Georgiou (รับบทโดย Michelle Yeoh) ที่จาก Star Trek: Discovery โดยในซีรีส์นี้ Georgiou จะถูกดึงเข้าร่วมกับ Section 31 หน่วยลับของ Starfleet ซึ่งมีภารกิจในการปกป้อง United Federation of Planets จากภัยคุกคามต่าง ๆ ที่ไม่สามารถเปิดเผยต่อสาธารณะได้ สิ่งที่น่าสนใจคือ Georgiou ต้องเผชิญหน้ากับ “sins of her past” หรือความผิดบาปและการกระทำที่เคยทำในอดีตของเธอ โดยเฉพาะในฐานะจักรพรรดินีจากจักรวรรดิ Terran ที่มีแนวคิดและวิธีการปกครองที่โหดเหี้ยม ซึ่งแตกต่างจากหลักการของ Starfleet ที่เน้นการช่วยเหลือและความยุติธรรม ด้วยการที่ Georgiou เป็นตัวละครที่มีประวัติและความซับซ้อนจากทั้งในจักรวาลของ Discovery และ Terran Empire การที่เธอเข้าร่วม Section 31 จึงเป็นการสำรวจด้านมืดของเธอ และการพยายามหาทางสร้างสมดุลระหว่างอดีตและการทำสิ่งที่ถูกต้องในปัจจุบัน น่าจะทำให้ซีรีส์นี้เต็มไปด้วยความตึงเครียดและความท้าทายภายในตัวละคร